Estas tierras fueron habitadas por el hombre desde tiempos del paleolítico.
De la Edad del Bronce quedan restos de un hacha plana, asi como restos de tribus de filiación celtibérica, los Turmódigos, podemos ver los restos de un poblado protegido por una incipiente muralla de piedras apiladas.
Una vez romanizada, se estableció un castro defensivo y en el llano una pequeña población de la que se han encontrado restos de cerámica, monedas, una ara votiva dedicada al dios Júpiter de Redonda y en torno a la iglesia de Santo Tomás.
Se mantiene la creencia de que durante la época visigoda es la primitiva iglesia de San Cosme y san Damián. Mandada levantar por Chindasvinto en el siglo VII. Así como el levantamiento de la muralla que rodeaba a la población que quedó arrasada unos años más tarde, hacia el año 737.
Fue en el siglo X, cuando Covarrubias rehace su vida, y se afincan en este término los sucesores del conde de Lara. Aquí poseían una casa-palacio, legada años más tarde al monasterio de San Pedro de Arlanza por Fernán González. Una hermana del conde llamada Urraca ingresa en el monasterio de San Cosme y San Damián restaurado ya por esas fechas, momento en el que se levanta el torreón sobre el antiguo.
En el año 972 los abades Velasco y Martín con los demás monjes de Valeránica ceden la iglesia y la villa de Covarrubias al conde García Fernández a cambio de las aldeas cercanas de San Román, Licinio y Cornelianos. Las pretensiones del conde García Fernández al fundar el Infantado de Covarrubias van más allá de una simple donación (año 978). El monasterio de San Cosme y San Damián será en adelante uno de los centro más importantes en el orden religioso, cultural y económico del condado. Por lo que la infanta Urraca recibe un señorío extenso y bien dotado sobre el que ejercerá el dominio directo con plena autoridad jurisdiccional, civil y eclesiástica, ejerciendo justicia por medio de jueces y administrando las cuantiosos rentas y beneficios sayones y merinos por ella nombrados.
Pero fueron los siglos XV y XVI los siglos de plenitud para esta localidad. La prosperidad de la abadía y de la villa así como la situación de privilegio con la que contaban, aparece una clase acomodada de clérigos e hidalgos cuyas empresas dejarán su impronta en la vida pública de España-
Durante el siglo XV se reedifica la iglesia de Santo Tomás y la nueva colegiata, mostrando la riqueza del gótico burgalés. En el siglo XVI se añade el claustro sustituyendo al románico anterior. A mediados de siglo se restaura el palacio Fernán González y unos años más tarde se comienza la construcción del Archivo del Adelantamiento de Castilla, creado por una orden de Felipe II.
Se mantiene la creencia de que durante la época visigoda es la primitiva iglesia de San Cosme y san Damián. Mandada levantar por Chindasvinto en el siglo VII. Así como el levantamiento de la muralla que rodeaba a la población que quedó arrasada unos años más tarde, hacia el año 737.
Durante los últimos años del siglo XVI, Covarrubias vio reducida su población por una mortal epidemia que asoló a toda España. Así en 1590 Francisco Valles mandó demoler sus murallas para una mejor ventilación de la villa. Son años de decadencia, en los siglos siguientes, XVII, XVIII y XIX apenas hay hechos significativos. Y ya en el siglo XX, un gran incendio amenaza con la destrucción de la Colegiata, pudiéndose salvar todo el tesoro gracias a la rápida actuación de los vecinos.
Cuna de personajes importantes , en ella nació en 1524 el Dr. Divino Vallés, médico personal de Felipe II.